Un journal académique en Statistique et Machine-Learning promouvant la reproductibilité et les modes de publication alternatifs
23/05/2023
Apprentissage stat. pour le vivant
DR INRAE, Université Paris-Saclay
Informatique Statistique, IR CNRS
IMAG Montpellier, ENS LYON
Machine learning for genomics
CR CNRS, Université Grenoble Alpes
Statistique, DR CNRS
Institut de Math de Toulouse
Optimisation et Machine-Learning
CR INRIA, Lyon
Machine Learning
CR MinesParisTech, Institut Curie
La Société Française de Statistique missionne une cellule “publication” (J. Chiquet puis P. Neuvial) pour faire émerger une revue d’envergure internationale
Constat
Multiplication des journaux “traditionnels”…
😔 dévalorisation des résultats négatifs
😥 peu/pas assez de valorisation du code et des études de cas
😱 ↓ de la qualité des publications et du temps consacré à un article
😱 ↓ de la reproductibilité scientifique (analyses, expériences)
Point de vue
\(\rightsquigarrow\) Émergence de l’idée de Computo
Périmètre scientifique
Promouvoir les contributions en statistique et machine-learning permettant d’évaluer la pertinence d’un modèle et des méthodes associées vis-à-vis d’une question scientifique spécifique
Ouvert
\(\rightsquigarrow\) En accord avec le Budapest Open Access Initiative (BOAI) and le Plan S
Reproductible
Lancement officiel fin 2021
texte (markdown) + math (\(\LaTeX\)) + code (Python/R/Julia), biblio (bib\(\TeX\))
Gestion de l’environnement, Compilation, Publication multiformats
modèles de document + doc + services de publication pré-configurés
Utilisation d’un des dépôts template (R, Python, Julia) pour commencer
À vous de jouer, en local (même esprit qu’en Jupyter/Rmarkdown)
venv: fichier requirement.txt
Le fichier requirements.txt est versionné et utilisé dans l’action de compilation/publication
Un git push lancera l’action dédiée à la compilation et la publication
name: build
on: push
jobs:
build-deploy:
runs-on: ubuntu-latest
steps:
- name: Check out repository
uses: actions/checkout@v2
- name: Set up quarto
uses: quarto-dev/quarto-actions/setup@v2
# [...]
- name: Install Computo extension for Quarto
run: |
quarto add --no-prompt computorg/computo-quarto-extension
- name: Install Python and Dependencies
uses: actions/setup-python@v4
# [...]
- run: pip install -r requirements.txt
- name: Render and Publish
uses: quarto-dev/quarto-actions/publish@v2
# [...]Si le processus d’action a fonctionné, un
Une fois le processus de relecture “traditionnel” achevé, un processus en 3 phases
incluant
🥲 Processus opérationnel + doi, ISSN
🙂 4 articles publiés, 6 articles en cours de relecture
🙂 4 présentations (Montpellier, Toronto, Humastica, Grenoble)
🤯 Difficulté à trouver des relecteurs
🤔 Support institutionnel ?
quarto: dynamique, langage agnostique, issu de la communauté (pandoc)Github: dynamique, lien avec quarto, pas institutionnel